Аминокислоты - составляющая часть белка (мышцы). В процессе тренировок неизбежен процесс катаболизма - распада белка. Организм "палит" не только углеводы, жиры, но и белки. Особенно, если в процессе тренировки недостаточен запас углеводов. Вот почему были придуманы всевозможные мегамассы и энергетики.
У аминокислот две функции:
1) они выравнивают аминокислотный профиль - с обычной пищей ты можешь не получить необходимый набор аминокислот для строительства белка.
2) "аминки" - это как-бы уже переваренная пища, они минуя процесс пищеварения поступают в кровь непосредственно в желудке. Таким образом, принимая их после тренировки ты быстро восстанавливаешь разрушенный белок.